Analyse quantitative de l’expression génique

Responsable
Jean-Christophe Helbling : jean-christophe.helbling@inrae.fr

Objectif
Fournir des outils performants pour mesurer et comparer l’expression des gènes dans divers contextes biologiques, dans le but d’élucider les mécanismes moléculaires sous-jacents aux processus physiologiques et pathologiques.

Présentation
Le laboratoire utilise des technologies avancées pour évaluer de manière précise les niveaux d’expression des gènes. Ces approches sont adaptées à différents modèles biologiques et peuvent répondre à des besoins spécifiques en recherche fondamentale ou appliquée.

Nos compétences

Outre les analyses classiques, le laboratoire excelle également dans des techniques spécialisées pour l'étude de populations cellulaires spécifiques et de leurs ARN :

• Extraction d’ARN totaux : à partir de tissus ou d’échantillons cellulaires.
• Purification ciblée d’ARN par pS6-TRAP et viral-TRAP : ces approches permettent d’isoler des ARN spécifiques des cellules traduisant activement des protéines, offrant ainsi une vue précise des mécanismes de régulation au niveau translationnel.
• Dosage des ARN par absorbance sur micro-volumes : pour quantifier précisément les acides nucléiques.
• Contrôle qualité des ARN : évaluation de l’intégrité des échantillons avant analyse.
• Synthèse d’ADNc : préparation pour la quantification de l’ARNm.
• Quantification relative des ARNm : utilisation de techniques robustes telles que la PCR quantitative en temps réel (qPCR) ou le séquençage à haut débit (en collaboration avec la PGTB, INRAE Cestas-Pierroton).
• Optimisation des protocoles expérimentaux : accompagnement dans la conception et la validation des expériences pour garantir des résultats fiables et reproductibles.
• Analyse comparative et statistique : expertise en bioinformatique pour interpréter les résultats dans un cadre rigoureux.

Appareillages disponibles

Le laboratoire est équipé d’instruments de pointe pour garantir des analyses précises et fiables :

• TissueLyser II Qiagen : pour le broyage efficace des tissus avant extraction.
• NanoDrop One : pour le dosage rapide et précis des acides nucléiques sur micro-volumes.
• Bioanalyzer 2100 Agilent : pour le contrôle qualité des acides nucléiques et la vérification de leur intégrité.
• Robot de pipetage Eppendorf epMotion 5070 : pour la préparation automatisée des plaques de qPCR, garantissant une précision optimale.
• LightCycler 480 Roche : pour la réalisation de qPCR en plaques de 96 ou 384 puits, offrant une grande flexibilité.
• Thermocycleurs polyvalents : pour la PCR classique et la synthèse d’ADNc sur plaques de 96 puits ou en tubes.

Points forts

• Laboratoire équipé des dernières technologies en analyse moléculaire : y compris des compétences techniques avancées comme pS6-TRAP et viral-TRAP.
• Personnel expert dans l’interprétation des données complexes.
• Approche personnalisée en fonction des objectifs de chaque projet.