Microscopie/Analyse d'images

Responsables : Jean-Christophe Delpech : jean-christophe.delpech@inrae.fr  et Alexandra Sere : alexandra.sere@u-bordeaux.fr

Applications : • Immunohistochimie • Hybridation in situ • Imagerie à épifluorescence • Imagerie en lumière transmisse • Acquisition de champs larges automatisée • Etude activité phagocytaire • Comptage épines dendritiques

Appareillages

•Microscopes : 

- Zeiss Axio Observer7 avec apotome3, système LED colibri 7, AI sample finder, équipé d’une caméra Axiocam 305 couleur et d’une caméra Axiocam 712 mono fluo (logiciel Zen avec Intellesis+ImAnalysis modules)

- Leica Med IHC-MICR-0,5 équipé d’une caméra digitale Nikon DXM1200 (logiciel Nikon ACT-X) et un Olympus BX51TF-5

- Nikon Eclipse E400, équipé d’une caméra Hamamatsu orca-R² et d’un piezzo (logiciel Nikon NIS Element AR)

 -Microscope Olympus BX51TF équipé pour Lucia d’une caméra digitale Nikon

 -DXM 1200 et pour Mercator d’une caméra digitale PixelLink et de capteurs de position X,Y

- Plateforme BIC :  macroscope, confocal, multiphoton, FRET, FRAP, STED, PALM, logiciel metamorph, …http://www.bic.u-bordeaux2.fr

•Logiciels d’analyse d’images :

- Zen avec Intellesis analysis module (approche d’analyse avec machine learning)

- Image J/Fiji (software gratuit analyse d’images)

- Imaris (analyse d’image en 3D – images acquises en fluorescence), Lucia (morphologie, niveaux de gris),

- Mercator (cartographie, stéréologie)

- Metamorph